In Quake II, l'ambientazione è fantascientifica.

In «Operation Alien Overlord», un disperato tentativo di fermare un'invasione aliena della Terra conducendo un attacco preventivo contro il pianeta natale dell'ostile civiltà Strogg, il giocatore assume il ruolo di un marine di nome Bitterman.

La maggior parte degli altri soldati viene uccisa o catturata non appena raggiunge l'area di atterraggio designata.

Bitterman è ancora vivo perché si sono scontrati con un altro marine quando ha lanciato la sua capsula e si è schiantato lontano dalla zona di atterraggio.

Il leader degli Strogg, il Makron, viene infine assassinato da Bitterman nella sua base di asteroidi orbitali dopo essersi fatto strada nella metropoli di Strogg, distruggendo punti di riferimento tattici. I guerrieri che un tempo combattevano nell'Arena da soli ora devono unire le forze. I giocatori possono dare un'occhiata ad altri sequel.

• terremoto
• Quake II
• Quake IV
• Quake III Arena
• I campioni di Quake

Caratteristiche principali

• Nello sparatutto in prima persona Quake II, il giocatore controlla il personaggio principale e si impegna a sparare al nemico.
• Sebbene la velocità di movimento del giocatore sia stata rallentata e ora il giocatore possa accovacciarsi, il gameplay è abbastanza simile a quello visto in Quake per quanto riguarda i movimenti e i controlli.
• Shotgun, Super Shotgun, Grenade Launcher e Rocket Launcher sono le quattro delle otto armi di Quake ancora presenti nel gioco, nonostante abbiano subito modifiche estetiche e funzionali.
• Axe, Nailgun, Super Nailgun e Thunderbolt sono le uniche quattro armi rimaste di Quake assenti da Quake II.
• Le sei armi appena introdotte sono Blaster, Machine Gun, Chain Gun, Hyperblaster, Railgun e BFG10K.
• Quake II ha potenziamenti aggiuntivi come Ammo Pack, Invulnerability, Bandolier, Enviro-Suit, Rebreather e Silencer, oltre al Quad Damage Power-up di Quake.
• Nel gioco per giocatore singolo sono state apportate alcune modifiche relative a Quake.
• Al giocatore vengono innanzitutto assegnati obiettivi basati sulla missione legati alla trama, come indire un attacco aereo su un bunker e afferrare la testa di un Tank Commander per aprire una porta.
• Sebbene siano tutti essenzialmente lo stesso piccolo filmato che mostra un'immagine computerizzata del personaggio del giocatore che avanza nei livelli del Gioco, le cutscene in CGI vengono utilizzate per rappresentare i progressi del giocatore verso gli obiettivi principali.
• Gli alleati catturati dal personaggio del giocatore sono un tipo di personaggio non ostile, un'altra aggiunta.
• Tuttavia, non è possibile interagire con questi personaggi, poiché i loro rapitori Strogg li hanno tutti fatti impazzire.
• Rispetto a Quake, i livelli del gioco sono significativamente più alti e includono molto più spazio aperto.
• Il passaggio da un livello all'altro tramite il sistema hub è necessario per raggiungere diversi obiettivi.
• La grafica e i simboli del gioco condividono molte somiglianze con alcuni di quelli di Quake.
• Dopo essere stati danneggiati, i nemici mostrano segni di ferite.