Deus Ex: Mankind Divided segue direttamente le conseguenze dell'incidente di agosto, un giorno in cui i cittadini di tutto il mondo dotati di potenziamento meccanico sono stati privati del controllo sulle loro menti e sui loro corpi, provocando la morte di milioni di innocenti. L'anno è ora il 2029 e l'era d'oro dei potenziamenti è finita. Gli umani potenziati meccanicamente sono stati considerati emarginati e segregati dal resto della società. Il crimine e gli atti di terrore servono da sottile velo per coprire una cospirazione globale volta a