Brothers è presentato da una visuale in terza persona con vista sui due fratelli. I fratelli vengono mossi individualmente da due levette sul controller. I trigger del controller fanno sì che il rispettivo fratello interagisca con il mondo di gioco, ad esempio parlando con un personaggio non giocabile o afferrando una sporgenza o un oggetto. Il fratello maggiore è il più forte dei due e può tirare le leve o spingere il fratello minore in spazi più alti, mentre il più giovane può passare tra barre strette. Il giocatore procede manipolando i due fratelli contemporaneamente per completare vari enigmi, spesso richiedendo al giocatore di manipolare entrambi i fratelli per svolgere funzioni diverse (come una distrae un personaggio ostile non giocabile mentre l'altra si fa strada). Se uno dei fratelli dovesse cadere da una grande altezza o subire un infortunio, il gioco riparte da un checkpoint recente. Tutti i dialoghi del gioco sono parlati in una lingua immaginaria, quindi la storia viene trasmessa attraverso azioni, gesti