Dans Quake II, le décor est issu de la science-fiction.

Dans « Operation Alien Overlord », une tentative désespérée de stopper une invasion extraterrestre de la Terre en menant une attaque préventive contre la planète natale de la civilisation hostile Strogg, le joueur incarne un Marine nommé Bitterman.

La plupart des autres soldats sont tués ou capturés dès qu'ils atteignent la zone d'atterrissage désignée.

Bitterman est toujours en vie car ils se sont affrontés avec un autre Marine lorsqu'il a lancé sa capsule et s'est écrasé loin de la zone d'atterrissage.

Le leader des Strogg, le Makron, est finalement assassiné par Bitterman dans sa base d'astéroïdes orbitaux après s'être frayé un chemin dans la métropole de Strogg, détruisant des points de repère tactiques. Les guerriers qui ont autrefois combattu seuls dans l'Arène doivent désormais s'unir. Les joueurs peuvent découvrir d'autres suites

• tremblement de terre
• Quake II
• Quake IV
• Quake III Arena
• Champions de Quake

Caractéristiques principales

• Dans le jeu de tir à la première personne Quake II, le joueur contrôle le personnage principal et participe au tir ennemi.
• Bien que la vitesse de déplacement du joueur ait été ralentie et que le joueur puisse désormais s'accroupir, le gameplay est assez similaire à celui de Quake en ce qui concerne les mouvements et les commandes.
• Le fusil de chasse, le super fusil de chasse, le lance-grenades et le lance-roquettes sont les quatre des huit armes de Quake qui sont toujours présentes dans le jeu, malgré des modifications esthétiques et fonctionnelles.
• La Hache, le Nailgun, le Super Nailgun et le Thunderbolt sont les quatre seules armes restantes des huit armes de Quake absentes de Quake II.
• Les six armes récemment introduites sont le blaster, la mitrailleuse, le pistolet à chaîne, l'hyperblaster, le Railgun et le BFG10K.
• Quake II possède des bonus supplémentaires tels que le pack de munitions, l'invulnérabilité, le bandolier, la combinaison environnementale, le rebreather et le silencieux, en plus du bonus Quad Damage de Quake.
• Certains ajustements liés à Quake ont été effectués dans le jeu solo.
• Le joueur se voit d'abord attribuer des objectifs basés sur des missions liés à l'intrigue, tels que lancer une frappe aérienne sur un bunker et arracher la tête d'un commandant de char pour ouvrir une porte.
• Bien qu'il s'agisse essentiellement du même petit film montrant une image informatisée de l'avancée du personnage du joueur à travers les niveaux du jeu, des cinématiques en images de synthèse sont utilisées pour décrire la progression du joueur par rapport aux objectifs principaux.
• Les alliés capturés par le personnage du joueur sont un type de personnage non hostile, un autre ajout.
• Cependant, il est impossible d'interagir avec ces personnages, car leurs ravisseurs Strogg les ont tous rendus fous.
• Par rapport à Quake, les niveaux du jeu sont nettement plus élevés et incluent beaucoup plus d'espaces ouverts.
• Le passage d'un niveau à l'autre via le système de hub est nécessaire pour atteindre différents objectifs.
• Les graphismes et les symboles du jeu présentent de nombreuses similitudes avec ceux de Quake.
• Après avoir été endommagés, les ennemis présentent des signes de blessures.