UFO: Aftershock es una combinación de combate táctico en escuadrones y estrategia global que mejora y amplía su precuela, UFO: Aftermath. Es el año 2054. Cincuenta años después del desastre. Cincuenta años después de que la superficie de la Tierra se volviera inhabitable. Al retirarse al refugio volador de los Laputa, los restos de la humanidad se aferraron a la existencia. Luego, una revuelta contra el liderazgo humano cada vez más rígido y corrupto de los Laputas se convirtió en un conflicto que destruyó la colonia. Ahora, los supervivientes restantes huyen una vez más. ¿Podrán recuperar la Tierra de las fuerzas desconocidas que los persiguieron hasta los cielos?