Deus Ex: Mankind Divided sigue directamente las secuelas del incidente de agosto, un día en el que ciudadanos de todo el mundo, aumentados mecánicamente, perdieron el control sobre sus mentes y cuerpos, lo que provocó la muerte de millones de inocentes. Estamos en el año 2029 y la era dorada de los aumentos ha terminado. Los seres humanos aumentados mecánicamente han sido considerados marginados y segregados del resto de la sociedad. El crimen y los actos de terror sirven como un fino velo para encubrir una conspiración generalizada destinada a controlar el futuro de la humanidad...