Después de los acontecimientos de Batman: Arkham Asylum (2009), una sección de la ciudad de Gotham se ha convertido en una prisión, diseñada para mantener a la escoria de la ciudad lejos del pueblo. Bruce Wayne protesta por esta prisión pero es secuestrado en breve por el despreciable Hugo Strange, teniendo que enfrentarse a los villanos más poderosos de la ciudad como Batman mientras intenta descubrir los planes de Strange.