In Quake II is de setting sciencefiction.

In „Operation Alien Overlord”, een wanhopige poging om een buitenaardse invasie van de aarde te stoppen door een preventieve aanval uit te voeren op de thuisplaneet van de vijandige Strogg-beschaving, neemt de speler de rol aan van een marinier genaamd Bitterman.

De meeste andere soldaten worden gedood of gevangengenomen zodra ze het aangewezen landingsgebied bereiken.

Bitterman leeft nog omdat ze botsten met een andere marinier toen hij zijn capsule lanceerde en ver van de landingszone neerstortte.

De leider van Strogg, de Makron, wordt uiteindelijk vermoord door Bitterman op zijn planetoïdenbasis nadat hij zich een weg baant door de metropool Strogg en daarbij tactische monumenten heeft vernietigd. Krijgers die ooit alleen tegen de Arena vochten, moeten nu samenwerken. Spelers kunnen meer sequels bekijken

• Aardbeving
• Quake II
• Aardbeving IV
• Quake III Arena
• Quake-kampioenen

Belangrijkste kenmerken

• In de first-person shooter Quake II bestuurt de speler de hoofdpersoon en neemt hij deel aan de vijandelijke schietpartij.
• Hoewel de bewegingssnelheid van de speler is vertraagd en de speler nu kan hurken, lijkt de gameplay qua beweging en besturing behoorlijk op die van Quake.
• De Shotgun, Super Shotgun, Grenade Launcher en Rocket Launcher zijn de vier van de acht wapens van Quake die nog steeds in het spel aanwezig zijn, ondanks esthetische veranderingen en functionele aanpassingen.
• De Axe, Nailgun, Super Nailgun en Thunderbolt zijn de enige overgebleven vier van de acht wapens van Quake die niet aanwezig zijn in Quake II.
• De zes nieuw geïntroduceerde wapens zijn de Blaster, Machine Gun, Chain Gun, Hyperblaster, Railgun en BFG10K.
• Quake II heeft extra power-ups zoals het Ammo Pack, Invulnerability, Bandolier, Enviro-Suit, Rebreather en Silencer, naast de Quad Damage Power-up van Quake.
• Er zijn enkele Quake-gerelateerde aanpassingen in het spel voor één speler.
• De speler krijgt eerst doelen op basis van missies die verband houden met het plot, zoals een luchtaanval op een bunker afblazen en het hoofd van een tankcommandant wegrukken om een deur te openen.
• Hoewel het in wezen allemaal hetzelfde stukje film is dat een computerbeeld toont van het personage van de speler die door de spelfasen van het spel vordert, worden CGI-tussenfilmpjes gebruikt om de voortgang van de speler bij het behalen van de primaire doelen weer te geven.
• De gevangen bondgenoten van het personage van de speler zijn van een niet-vijandig personage, nog een toevoeging.
• Met deze personages is echter geen interactie mogelijk, omdat hun Strogg-ontvoerders hen allemaal gek hebben gemaakt.
• In vergelijking met Quake zijn de levels van de game aanzienlijk hoger en bevatten ze veel meer open ruimte.
• Het schakelen tussen niveaus via het hubsysteem is noodzakelijk om verschillende doelstellingen te bereiken.
• De beelden en symbolen van de game hebben veel overeenkomsten met sommige van die in Quake.
• Na beschadiging vertonen vijanden tekenen van wonden.