A Quake II-ben, a beállítás a tudományos fantasztikumból származik.

Az „Alien Overlord művelet,” Kétségbeesett kísérlet a Föld idegen inváziójának megállítására azáltal, hogy megelőző támadást hajt végre az ellenséges Strogg civilizáció szülőbolygója ellen, a játékos egy Bitterman nevű tengerészgyalogos szerepét vállalja.

A legtöbb katonát megölik vagy elfogják, amint elérik a kijelölt leszállási területet.

Bitterman még mindig életben van, mert összecsaptak egy másik tengerészgyalogossal, amikor elindította a kapszuláját, és messze lezuhant a leszállási zónától.

A Strogg vezetőt, a Makront végül Bitterman meggyilkolja orbitális aszteroida bázisán, miután a Strogg metropoliszon keresztül csatázik, megsemmisítve a taktikai tereptárgyakat. Azoknak a harcosoknak, akik egykor egyedül harcoltak az Arénában, most össze kell fogniuk. A játékosok további folytatásokat nézhetnek

• Rengés
• Rengés II
• IV. Rengés
• Quake IIIArena
• Quake bajnokok

Főbb jellemzők

• Az első személyű lövöldözős Quake II-ben a játékos irányítja a főszereplőt, és részt vesz az ellenséges lövöldözésben.
• Míg a játékos mozgási sebessége lelassult, és a játékos most guggolhat, a játékmenet meglehetősen hasonló a Quake-ben látotthoz a mozgás és az irányítás tekintetében.
• A Shotgun, Super Shotgun, Gránátvető, és a Rocket Launcher a Quake nyolc fegyvere közül négy, amelyek még mindig a játékban vannak, annak ellenére, hogy esztétikai változásokon és funkcionális módosításokon mentek keresztül.
• A fejsze, a Nailgun, a Super Nailgun és a Thunderbolt az egyetlen fennmaradó négy Quake nyolc fegyvere közül, amelyek hiányoznak a Quake II-ből.
• A hat újonnan bevezetett fegyver a Blaster, Machine Gun, Chain Gun, Hyperblaster, Railgun és BFG10K.
• A Quake II további powerupokkal rendelkezik, mint például az Ammo Pack, az Invulnerability, a Bandolier, az Enviro-Suit, a Rebreather és a Silencer, a Quad Damage Power-up mellett.
• Van néhány rengéssel kapcsolatos kiigazítás az egyjátékos játékban.
• A játékos először küldetésen alapuló célokat kap a cselekményhez kapcsolódóan, például egy légicsapás lehívása egy bunkerre és egy tankparancsnok fejének kiragadása az ajtó kinyitásához.
• Bár mindegyik lényegében ugyanaz a kis filmdarab, amely számítógépes képet mutat a játékos karakteréről, a játék játékának szakaszaiban halad előre, A CGI jeleneteket arra használják, hogy ábrázolják a játékos előrehaladását az elsődleges célokon keresztül.
• A játékos karakter elfogott szövetségesei nem ellenséges karaktertípusok, egy másik kiegészítés.
• Ezekkel a karakterekkel azonban nem lehet kölcsönhatásba lépni, mivel Strogg fogvatartóik mind megőrjítették őket.
• A Quake-hez képest a játék szintje lényegesen magasabb, és sokkal több nyitott teret tartalmaz.
• Különböző célok eléréséhez szükség van a szintek közötti váltásra az elosztórendszeren keresztül.
• A játék látványai és szimbólumai sok hasonlóságot mutatnak a Quake némelyikével.
• Sérülés után az ellenségek sebek jeleit mutatják.