Deus Ex: Mankind Divided közvetlenül követi az augusztusi incidens következményeit, egy nap, amikor a mechanikusan kibővített polgárokat a világ minden tájáról megfosztották elméjük és testük feletti irányításuktól, ártatlanok millióinak halálát eredményezi. Az év most 2029, és a bővítések aranykora véget ért. A mechanikusan kibővített embereket kitaszítottnak tekintették, és elkülönítették a társadalom többi részétől. A bűnözés és a terrorcselekmények vékony fátyolként szolgálnak egy átfogó összeesküvés leplezésére, amelynek célja