Dans Valkyria Chronicles, le continent fictif d'Europe est divisé et dirigé par l'Empire et la Fédération. Le décor est un univers évocateur des années 1930. Pour s'emparer de la riche ressource naturelle Ragnite, l'Empire a décidé d'attaquer la principauté de Gallia, qui partage des frontières avec les deux superpuissances. Un héros du nom de Welkin est engagé dans ce conflit et défend l'escouade 7 de la milice gallienne contre l'invasion et les tentatives de l'Empire de subjuguer

La trentaine de missions de Valkyria (y compris des escarmouches hors scénario et des missions secondaires) sont complexes, intelligemment conçues et vous confrontent souvent à des défis insurmontables et à des ennemis uniques tels que d'énormes super chars, des nids de mitrailleuses indestructibles et un labyrinthe de mines et de projecteurs que vous devrez manœuvrer lorsque vous êtes blessé. Le travail d'équipe, la créativité et la sélection minutieuse de l'escouade avant les missions sont tous encouragés. Par exemple, vous pourriez passer tout votre temps à utiliser des troupes lance-roquettes pour pilonner un ennemi puissant avant de vous rendre compte qu'il serait préférable de concentrer vos troupes les plus légères les unes des autres afin qu'elles puissent toutes apporter leur soutien lorsque l'une d'elles tire activement.