UFO : Aftershock est une combinaison de combat tactique en escouade et de stratégie globale qui améliore et développe sa préquelle, UFO : Aftermath. Nous sommes en 2054. Cinquante ans après la catastrophe. Cinquante ans après que la surface de la Terre soit devenue inhabitable. En se retirant dans le paradis aérien des Laputa, les survivants de l'humanité se sont accrochés à l'existence. Puis, une révolte contre les dirigeants humains de plus en plus rigides et corrompus des Laputa a dégénéré en un conflit qui a détruit la colonie. Aujourd'hui, les survivants s'enfuient à nouveau. Parviendront-ils à reconquérir la Terre des mains des forces inconnues qui les ont pourchassés dans le ciel ?