Ce qui a commencé comme la recherche d'un tueur devient très vite bien plus que cela. Dans une histoire unique qui accompagne les événements du deuxième film, Spider-Man découvre qu'il n'est pas le seul à traquer les criminels de Manhattan. Le monde souterrain a été bouleversé par une campagne de violence et de meurtres menée par un seul homme qui a fait régner la peur dans la ville. Les méchants du film ainsi que les personnages classiques de Marvel préférés des fans s'entremêlent dans un réseau tordu d'action plein d'adrénaline qui met les joueurs sur une trajectoire de collision avec un mal bien au-delà de l'entendement