Au fond d'une ruine labyrinthique, une jeune fille nommée Mion sort d'un profond sommeil. Perdue, seule et sans aucun souvenir de la façon dont elle est arrivée ici ni de l'endroit où se trouvent ses parents, elle est accueillie par deux lucioles, l'une entièrement composée de lumière et l'autre tapie dans l'ombre.