C'est un monde imaginaire et mystique où règnent une végétation luxuriante, de vastes plaines, des montagnes imposantes et des vaisseaux spatiaux sombres. Ouaip. Bien qu'il s'agisse d'un monde d'épées et de magie typique, End of Eternity ajoute à cela une invasion extraterrestre, corrompant les humains et les animaux, les transformant en monstres métalliques impitoyables. Daryon, le héros roux du jeu, tente d'échapper aux attaques de son espèce et s'aventure à travers Heryon à la recherche du moyen de sauver son monde et de définir lui-même en cours de route. Mais il semblerait que les Cristaux aient un autre plan en tête...