Deus Ex : Mankind Divided fait directement suite à l'incident du mois d'août, un jour où des citoyens du monde entier ayant subi une augmentation mécanique ont été privés du contrôle de leur esprit et de leur corps, provoquant la mort de millions d'innocents. Nous sommes maintenant en 2029, et l'âge d'or des augmentations est révolu. Les humains augmentés mécaniquement ont été considérés comme des parias et séparés du reste de la société. La criminalité et les actes de terrorisme ne font qu'un mince voile pour dissimuler une conspiration globale visant à contrôler l'avenir de l'humanité...