UFO: Aftershock ist eine Kombination aus taktischem Truppkampf und globaler Strategie, die seinen Vorgänger UFO: Aftermath verbessert und erweitert. Es ist das Jahr 2054. Fünfzig Jahre nach der Katastrophe. Fünfzig Jahre nachdem die Erdoberfläche unbewohnbar wurde. Auf dem Rückzug in die Flugoase der Laputa klammerten sich die Überreste der Menschheit an ihre Existenz. Dann eskalierte ein Aufstand gegen die zunehmend rigide und korrupte menschliche Führung der Laputa zu einem Konflikt, der die Kolonie zerstörte. Jetzt fliehen die verbliebenen Überlebenden erneut. Können sie die Erde vor den unbekannten Mächten zurückerobern, die sie in den Himmel gejagt haben?