In Quantum Conundrum schlüpfen die Spieler in die Rolle eines kleinen Kindes, das am Wochenende vor der Haustür seines Onkels abgesetzt wurde. Sein Onkel ist zufällig der brillante, exzentrische Erfinder Professor Fitz Quadwrangle. Beim Betreten des riesigen Herrenhauses des Professors, das mit verrückter Technologie ausgestattet wurde, um seine neuesten Hypothesen zu testen, stellen die Spieler schnell fest, dass ihr Onkel verschwunden ist. Zum Glück erhalten die Spieler bald Zugriff auf Professor Quadwrangles neueste Erfindung, das interdimensionale Verschiebungsgerät, das auf Knopfdruck die Welt um sie herum in eine völlig neue Dimension versetzt. Um ihn zu finden, müssen die Spieler das neu gefundene IDS-Gerät verwenden, um die Welt dynamisch in und aus verschiedenen Dimensionen zu verändern, um durch das komplizierte Quadwrangle Manor voranzukommen. Wenn sie auf der Reise lernen, die verschiedenen Dimensionen zu nutzen, können sie von einem bizarren und herausfordernden Raum zum nächsten wandern. Es mag einfach klingen, aber es ist eine große Herausforderung für ein Kind in einem riesigen Rätsel eines Herrenhauses!