In Dungeon of the Endless übernimmt der Spieler die Rolle der Überlebenden eines Gefängnisraumschiffs, dessen Fluchtkapsel auf die Oberfläche eines fremden Planeten abgestürzt ist. Um zu entkommen, müssen sie einen Energiekristall durch mehrere Etagen, jede Etage gefüllt mit einer Reihe von gefährlichen Kreaturen nehmen. Um zu helfen, kann der Spieler ihre Überlebenden die zufällig generierten Levels erkunden lassen, um Ressourcen zu sammeln, um die Macht für verschiedene Räume zu ermöglichen und Turrets zu konstruieren, um die Feinde abzuwehren, wenn sie den Kristall von seinem Ausgangspunkt zum Aufzug in den nächsten Stock bewegen.